結論: 足切りの判定に退職所得の金額が入り、申告書にも退職所得を書く
医療費控除は、1年間に支払った医療費（保険金などで補てんされる分を除く）が、その年の「総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額」の5％（10万円を超える場合は10万円）を超えるときに、超えた部分を所得から引く制度です（所得税法第73条第1項）。判定に使う合計額には退職所得の金額が入ります。
国税庁No.1120も、医療費控除の金額を「（実際に支払った医療費の合計額－保険金などで補てんされる金額）－10万円」で計算し、その年の総所得金額等が200万円未満の人は10万円ではなく総所得金額等の5％とすると説明しています。控除額の上限は200万円です。
退職金から源泉徴収で税が引かれ、申告書を出していれば確定申告は原則いりません。ただし、医療費控除を受けるために確定申告書を出すときは、確定申告書に退職所得の金額を書く必要があります（国税庁No.1420）。
足切りが10万円になるか5％になるか
総所得金額等が200万円未満なら5％、200万円以上なら10万円が足切りの額です。退職所得の金額が加わると総所得金額等が増えるため、足切りが5％から10万円へ上がる場合があります。
| その年の所得の例 | 総所得金額等 | 足切りの額 |
|---|---|---|
| 退職所得の金額80万円のみ | 80万円 | 4万円（80万円×5％） |
| 給与所得の金額150万円と退職所得の金額100万円 | 250万円 | 10万円 |
| 給与所得の金額150万円のみ（退職金なし） | 150万円 | 7万5千円（150万円×5％） |
表は条文の式をそのまま当てはめた計算例で、ほかの所得や繰越控除がない場合の例です。退職所得の金額は「（退職金－退職所得控除額）×1/2」で、退職金そのものの額ではありません。計算は退職所得控除額の早見表で確認できます。
医療費控除は総所得金額から先に引かれる
所得控除をする金額は、総所得金額、山林所得金額、退職所得金額から順に引くと所得税法第87条第2項が定めています。給与所得などの総所得金額があれば、まずそこから引かれ、引ききれない分が退職所得金額から引かれる、という順です。
この順序は、給与と退職金が同じ年にある人にとって、控除が給与の課税分と退職金の課税分のどちらに効くかを決めます。実際にどの金額が還付されるかは、確定申告書の計算で決まります。個別の金額は税務署か税理士に確認してください。
申告の手順
- 退職所得の源泉徴収票で、退職所得の金額と源泉徴収税額を確認します。見方は退職所得の源泉徴収票の見方に整理しています。
- 医療費の領収書などから、年間の支払額と保険金などの補てん額を集計します。
- 確定申告書に、給与などの所得と退職所得の金額、医療費控除の額を書きます。
退職所得の受給に関する申告書を出していなかった人は、退職金の支払額の20.42％が源泉徴収されており、確定申告で精算します（国税庁No.1420）。申告書の出し方と出さなかった場合は退職所得の受給に関する申告書を確認してください。
このページで扱わないこと
医療費控除の対象になる医療費の範囲、セルフメディケーション税制との選び方、住民税への反映は扱いません。対象の範囲は国税庁No.1120と各医療機関・税務署の案内を確認してください。
出典
- e-Gov法令検索 所得税法第73条・第87条（laws.e-gov.go.jp）
- 国税庁 タックスアンサー No.1120「医療費を支払ったとき（医療費控除）」（nta.go.jp）
- 国税庁 タックスアンサー No.1420「退職金を受け取ったとき（退職所得）」（nta.go.jp）